Kasum juga meminta MA menjadikan hasil pemeriksaan Komisi Yudisial (KY) terhadap tiga hakim yang menangani perkara Muchdi sebagai bahan pertimbangan putusan kasasi. "Untuk itu, kami meminta KY segera menyerahkan hasil pemeriksaan itu ke MA," kata Koordinator Legal Kasum Choirul Anam ketika dihubungi pers di Jakarta, Senin (8/6/2009).
Anam mengungkapkan pemeriksaan tersebut merupakan tindaklanjut dari pengaduan pihaknya yang mempertanyakan putusan perkara Muchdi oleh Pengadilan Negeri Jakarta Selatan. Dia menilai Hakim PN Jakarta Selatan tidak berusaha menggali kebenaran materiil dalam memutus perkara Muchdi.
KY pada Jumat, 5 Juni memeriksa tiga hakim yang menangani perkara Muchdi. Ketiga hakim itu adalah Suharto (hakim ketua), Haswandi, Ahmad Yusak (hakim anggota). Koordinator Bidang Pengawasan Kehormatan, Keluruharan Martabat dan Prilaku Hakim KY Zainal Arifin menyatakan pemeriksaan itu untuk mengetahui sejauhmana penguasaan mereka terhadap hukum acara dan sama sekali tidak menyinggung putusan bebas Muchdi.
Hakim PN Jakarta Selatan pada 31 Desember 2008 menjatuhkan vonis bebas Muchdi. Jaksa Penuntut Umum (JPU mendakwa mantan Deputi V Badan Intelijen Nasional (BIN) itu bekerjasama dengan Pollycarpus Budihari Priyanto terlibat dalam pembunuhan berencana terhadap Munir. Kejagung melalui Jaksa Penuntut Umum tidak puas atas putusan tersebut lalu mengajukan banding ke MA.