Terdapat tiga tema besar dalam rekomendasi yang dihasilkan dalam sidang komisi Komisi E Muktamar Muhammadiyah. Tiga tema itu adalah tentang keumatan, kebangsaan, dan kemanusiaan universal. Dari ketiga tema besar itu, isu kebangsaan adalah yang paling banyak dicermati muktamirin.
Alasan keluarnya rekomendasi ini mengingat korupsi semakin merajalela. Sedangkan pranata hukum belum memberi efek jera kepada para pelaku. Ketua Umum Pimpinan Pusat Muhammadiyah Din Syamsuddin pernah menyatakan dukungannya menghukum mati para pelaku korupsi.
Sementara dalam isu politik, Muhammadiyah merekomendasikan agar pemerintah mengkaji ulang Pemilihan Umum Kepala Daerah (Pemilukada). Muhammadiyah mencermati, anggaran pemilukada cukup tinggi dan seringkali tak selaras dengan pemimpin yang dihasilkan.