Dalam sambutan pembukaan, Presiden SBY mengucapkan selamat kepada Muhammadiyah yang tengah memperingati satu abad pergerakan. "Saya mengucapkan selamat kepada Muhammadiyah," ujar Presiden SBY, yang disambut riuh tepuk tangan ratusan ribu peserta muktamar.
Ketua Umum Muhammadiyah Din Syamsuddin membantah jika ketidakhadiran presiden dianggap sebagai bentuk ketidakharmonisan antara pemerintah dan Muhammadiyah. Sebaliknya, pemerintah dan Muhammadiyah sekarang ini ibarat bumi dan matahari yang saling membutuhkan antara satu sama lain.